Bất cập, vướng mắc đầu tiên liên quan đến trường hợp tính tiền sử dụng đất, tiền thuê đất. Cụ thể, theo Cục Thuế TP.HCM, luật Đất đai 2024 áp dụng giá đất tại bảng giá đất để tính tiền sử dụng đất, tiền thuê đất khi Nhà nước công nhận quyền sử dụng, chuyển mục đích sử dụng đất của hộ gia đình, cá nhân mà không phân biệt trong hay ngoài hạn mức giao đất ở cho hộ gia đình, cá nhân. Trong khi trước đây, luật Đất đai 2013 chỉ áp dụng giá đất tại bảng giá đất để tính tiền sử dụng đất khi Nhà nước công nhận quyền sử dụng đất ở của hộ gia đình, cá nhân đối với phần diện tích trong hạn mức; cho phép chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp, đất phi nông nghiệp không phải là đất ở sang đất ở đối với phần diện tích trong hạn mức giao đất ở cho hộ gia đình, cá nhân. Đối với phần diện tích vượt hạn mức thì áp dụng giá đất cụ thể theo phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất – hệ số K (giá đất tại bảng giá đất 2020 - 2024 nhân hệ số K năm 2024).
Luật Đất đai 2024 áp dụng giá đất tại bảng giá đất để tính tiền thuê đất khi Nhà nước cho thuê đất thu tiền thuê đất hằng năm và để tính tiền sử dụng đất đối với trường hợp giao đất không thông qua đấu giá quyền sử dụng đất cho hộ gia đình, cá nhân. Trong khi Luật Đất đai 2013 áp dụng giá đất cụ thể theo phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất (giá đất tại bảng giá đất 2020 - 2024 nhân hệ số K năm 2024).
Mặt khác, Quyết định số 56/2023 của UBND TP.HCM quy định về hệ số K năm 2024 và Quyết định số 50/2014 của UBND TP về đơn giá thuê đất, thuê mặt nước cũng hết hiệu lực thi hành kể từ khi Nghị định số 103/2024 có hiệu lực thi hành (đã thay thế Nghị định số 45/2014 quy định về thu tiền sử dụng đất, Nghị định số 46 quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước...).
Một bất cập nữa theo Cục Thuế TP.HCM là trường hợp tính thuế thu nhập cá nhân từ chuyển nhượng bất động sản. Theo Điều 247 Luật Đất đai 2024 quy định: Thu nhập chịu thuế từ chuyển nhượng bất động sản được xác định là giá chuyển nhượng từng lần; trường hợp chuyển nhượng quyền sử dụng đất thì thu nhập chịu thuế tính theo giá đất trong bảng giá đất.
Trước đây quy định thu nhập chịu thuế khi kê khai, tính thuế thu nhập cá nhân từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất không được thấp hơn theo giá đất do UBND TP.HCM ban hành. Ngoài ra phạm vi điều chỉnh quy định tại khoản 2 Điều 1 Quyết định số 02/2020 không áp dụng cho trường hợp tính thuế thu nhập cá nhân từ chuyển nhượng bất động sản. Đến nay, cơ quan thuế vẫn đang tiếp nhận, giải quyết những hồ sơ được tính thuế theo chính sách và giá đất theo luật Đất đai 2013 (hồ sơ giao đất, chuyển mục đích sử dụng đất có quyết định ban hành trước ngày 1.8; hồ sơ công nhận quyền sử dụng đất có phiếu chuyển thông tin địa chính nộp đủ hồ sơ hợp lệ trước ngày 1.8 và hồ sơ đã ghi nợ tiền sử dụng đất còn trong thời hạn thanh toán 5 năm).
Tuy nhiên, hiện nay UBND TP.HCM đã thống nhất chủ trương điều chỉnh, bổ sung bảng giá đất 2020 - 2024 phù hợp với giá đất theo nguyên tắc thị trường và tình hình thực tế. Quyết định bảng giá đất mới do Sở Tài nguyên và Môi trường dự thảo được áp dụng từ ngày 1.8 sẽ có giá đất điều chỉnh tăng cao so với bảng giá đất hiện hành theo Quyết định số 02/2020. Trường hợp UBND TP.HCM tiếp tục cho phép áp dụng bảng giá đất 2020 - 2024, không có hệ số K (không có tỷ lệ phần trăm tính tiền thuê đất đối với trường hợp được Nhà nước cho thuê đất thu tiền thuê đất hằng năm) thì việc tính thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, thuế thu nhập cá nhân từ chuyển nhượng bất động sản không thể thực hiện đúng theo quy định pháp luật.
Do đó, Cục Thuế TP.HCM kiến nghị UBND TP phố sớm ban hành Quyết định điều chinh, bổ sung Quyết định số 02/2020 cho phù hợp với tình hình thực tế và sớm có hướng dẫn, chỉ đạo việc áp dụng các văn bản quy phạm pháp luật (bảng giá đất, hệ số điều chỉnh giá đất, tỷ lệ phần trăm tính thu tiền thuê đất...) đề cơ quan thuế kịp thời tính nghĩa vụ tài chính về đất đai đối với các hồ sơ phát sinh từ ngày 1.8 đến ngày Quyết định do UBND TP ban hành có hiệu lực thi hành.