Trong đó, diện tích phân khu bảo vệ nghiêm ngặt 3.000 ha, phân khu phục hồi sinh thái 11.230 ha và phân khu dịch vụ - hành chính 3.970 ha và vùng đệm 9.000 ha.
Theo UBND tỉnh Cà Mau, việc thành lập khu bảo tồn biển nhằm bảo vệ và bảo tồn nguồn lợi thủy sản, các loài sinh vật biển, loài quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng, loài có giá trị kinh tế và khoa học sống trong khu bảo tồn. Đồng thời bảo vệ môi trường và các hệ sinh thái, cảnh quan tự nhiên; bảo tồn đa dạng sinh học biển gắn với phát triển du lịch sinh thái bền vững, cải thiện sinh kế của cộng đồng ngư dân địa phương, góp phần phát triển kinh tế biển; tăng cường sự tham gia của cộng đồng trong việc bảo tồn và phát triển đa dạng sinh học biển.
Cụ thể, sẽ bảo tồn các hệ sinh thái tự nhiên, đặc thù và quan trọng như: Rạn san hô đảo Hòn Chuối và Hòn Hàng; bảo tồn đa dạng sinh học, cảnh quan thiên nhiên độc đáo của cụm đảo Hòn Khoai, Hòn Chuối và Hòn Đá Bạc để phục vụ cho nghiên cứu khoa học, giáo dục, du lịch sinh thái, du lịch mạo hiểm, nghỉ dưỡng.
Ngoài ra, sẽ phục hồi, tái tạo tự nhiên kết hợp với nhân tạo hệ sinh thái rạn san hô tại các khu vực bị suy thoái xung quanh đảo Hòn Chuối và Hòn Hàng. Bảo vệ, phục hồi và phát triển quần thể của các loài sinh vật đặc hữu, quý hiếm có giá trị bảo tồn, đặc biệt là các loài di cư như: thằn lằn đuôi vàng, sóc bông Hòn Khoai, bồ câu, đại bàng biển bụng trắng, san hô cành, tôm hùm đá, trai bàn mai, trai ngọc nữ... Bảo vệ các loài thủy sản: tôm he, tôm kính, cá chai, cá đục, cá bơn lưỡi bò, cá trích, cá bống trắng, cá lượng, cá đù, cá đục, cá đối, cá chim trắng, cá trỏng, cá trích, cá khế... tại vùng ven biển phía đông Hòn Khoai và phía tây Ngọc Hiển.
Ông Phan Hoàng Vũ, Giám đốc Sở NN-PTNT tỉnh Cà Mau, thông tin thêm: "Trước mắt, giao Chi cục Kiểm ngư chủ trì, phối hợp với đơn vị có liên quan tổ chức quản lý Khu bảo tồn biển tỉnh Cà Mau theo quy định. Khi khu bảo tồn đủ điều kiện đáp ứng nhu cầu khai thác dịch vụ và dự kiến được nguồn thu đảm bảo tự cân đối, sẽ đề xuất thành lập Ban quản lý Khu bảo tồn biển theo quy định, và đơn vị này cũng do Chi cục Kiểm ngư tỉnh Cà Mau đảm nhận".